La cultura inca era una civilización profundamente religiosa, las creencias más fuertemente aceptadas por los incas se referían a espíritus tutelares y a “huacas”; palabra que se aplicaba a los objetos,fenómenos o seres de los que provenía una fuerza misteriosa, capaz de producir desgracias o prosperidades; bajo este término se agrupaban los tótems de los clanes, que generalmente eran piedras con formas raras; también algunos animales, como el puma, el cóndor o el jaguar, representaban manifestaciones de origen totémico.
Dentro de esta cosmogonía, el sol era una huaca especial; su imagen se encintraba en el templo de Cuzco, al lado el de la Luna, de diversos astros y constelaciones. Los Incas le daban el tributo muy especial a sus antepasados; sin embargo, sólo la entronización de un nuevo monarca ameritaba los sacrificios que se hacían con animales, y en muy raros casos con personas. Además se ofrendaban plumas, joyas y coca.
El cuerpo sacerdotal estaba presidido por el Huillacumu o sumo sacerdote, que tenía un gran poder en el estado; también existían especializaciones sacerdotales, dentro de las que destacan los sacerdotes confesores y los “amanautas” o encargados de conservar las tradiciones y transmitirlas a los miembros de la nobleza por la enseñanza.