Francisco Pizarro regreso a panamá en el año de 1528, delibero con Almagro y lucre, y los tres amigos decidieron que lo mejor era dirigirse al emperador Carlos V en persona, y solicitar autorización para emprender una campaña hacia el sur. Por lo que Pizarro volvió a España jurando solemnemente velar no solo por sus propios intereses, sino también por los de sus dos asociados y amigos. Aquel viaje constituyo un gran triunfo para Pizarro, ya que obtuvo plenos poderes para llevar a buen término la conquista del Perú. Almagro gobernaría en tumbes, y Luque seria obispo de esta ciudad; de este modo Pizarro podría alejar de la empresa a sus dos amigos.
El 15 de noviembre del 1532 entro en la ciudad y en una breve entrevista con Atahualpa este les insto a que le devolviera las tierras tomadas y aplazaran la entrevista para el día siguiente.
Aquella noche los españoles se escondieron alrededor de la plaza. Cuando al otro día llego el inca con sus escoltas, cayeron sobre ellos sin previo aviso, ahuyentándolos y apresando a Atahualpa.
Al día siguiente saquearon el campamento de la ciudad. Atahualpa ofreció a Pizarro una habitación llena de oro y dos de plata a cambio de su libertad, este acepto de inmediato, pero el inca siguió prisionero, fue traicionado.
Después de ir a España Hernando Pizarro, a llevar a Carlos V el quinto real de la conquista, regreso a cuzco, en donde se encontró con que manco capac, conocido también como manco inca, estaba prisionero; ambos tuvieron conversaciones, durante una de las cuales el inca consiguió tentar a Hernando hablándole de un rico lugar secreto.
En 1536 fue liberado manco inca, pero este, lejos de claudicar en su empresa de liberar a su pueblo, tomo sus tropas y rodeo cuzco y la ciudad de los reyes; la situación de los españoles se convirtió en algo desesperado.
Sin embargo, la imposibilidad de darle de comer a sus hombres obligo a manco inca a dejar la guerra, haciendo un paréntesis que no pudo cerrar por la desarticulación del pueblo indio y su fallecimiento en 1544.
Hernando Pizarro se convirtió en el personaje español más importante, mientras que en lima fue francisco Pizarro la figura más sobresaliente junto a titu Yupanqui.